Ausgehend von den bestehenden übergeordneten Gleichstellungszielen des ESF dienen die Erkenntnisse der Gender-Analyse zur Formulierung konkreter, fachlich fundierter Gleichstellungsziele des jeweiligen Einzelprogramms.

Die Übersetzung der globalen Gleichstellungsziele des ESF in konkrete und überprüfbare Handlungsziele für das jeweilige Programm, das heißt die Operationalisierung und fachliche Übersetzung von Zielen, ist ein zentraler Schritt in der Umsetzung von Gender Mainstreaming. 

Die Gleichstellungsziele eines Programms sollten auf das jeweilige Interventionsfeld zugeschnitten formuliert werden und sich in die Zielarchitektur des Programms einfügen. Die Schlüsselfrage lautet hier:

Welcher Beitrag soll und kann im Rahmen der Interventionsmöglichkeiten eines Programms zur Förderung der Gleichstellung von Frauen und Männern geleistet werden?

Bei der Formulierung der Gleichstellungsziele eines Programms sind jeweils Wirkungsziele zu formulieren  sowie daraus Ergebnisziele und Teilhabeziele (bei teilnahmebezogenen Programmen) abzuleiten. 

• Wirkungsziele beschreiben die angestrebte Wirkung eines Programms auf das Interventionsfeld. Sie sind meist nur bedingt quantifizierbar und in der Regel qualitativ formuliert. Wirkungsziele legen die Ausrichtung eines Programms fest.  Gender Mainstreaming erfordert die Formulierung von Gleichstellungszielen als pragmatische und strategische Wirkungsziele, welche die inhaltliche Ausrichtung eines Programms festlegen und die Ausrichtung der zu fördernden Projekte leiten können (bspw. Abbau der horizontalen oder vertikalen Segregation am Arbeitsmarkt, Verringerung der horizontalen Segregation im Bildungssystem usw.).  Besteht ein Programm aus verschiedenen Programmbereichen, so sollten für jedes Handlungsfeld spezifisch zugeschnittene Wirkungsziele der Gleichstellung formuliert werden.
• Ergebnisziele  legen fest, welche konkreten Ergebnisse ein Programm erzielen soll, um in Richtung der formulierten Wirkungsziele zu wirken. Ergebnisziele können sich bspw. auf die zu erreichenden Bildungs­abschlüsse oder Beschäftigungsaufnahmen beziehen.  In gleichstellungs­orientierter Hinsicht spielt dabei die Qualität des Bildungsabschlusses oder der Arbeits­markt­integration eine wichtige Rolle, weshalb Ergebnisziele auch differenzierter formuliert und nicht auf pauschale quantitative Quoten reduziert werden sollten. Lautet ein Wirkungsziel bspw. Abbau der horizontalen Segregation des Arbeitsmarktes, so spielen nicht nur die Zahl der Bildungsabschlüsse oder Verbleibsquoten eine Rolle, sondern auch die Frage, wer von den Teilnehmenden welche Bildungsabschlüsse erwerben oder in welchen Bereichen eine Beschäftigung aufnehmen konnte. 
• Teilhabeziele (bei teilnahmebezogenen Programmen) richten sich auf den Anteil von Frauen und Männern, die mit einem Programm bzw. Programmbereich erreicht werden sollen. Sie sollten aus den festgelegten Wirkungs- und Ergebnisziele abgeleitet und gegebenenfalls nach verschiedenen Zielgruppen differenziert festgelegt werden. Die häufig angestrebte Quote des Anteils von Frauen und Männern entsprechend ihrem Anteil an den Arbeitslosen ist dabei in vielen Fällen zu undifferenziert. Eine solche Quote bildet auf aggregierter Programmebene lediglich die bestehende Verteilung ab und kann gegebenenfalls eine Unterrepräsentation verhindern. In der Abbildung eines Status Quo wird jedoch noch kein aktiver Beitrag zur Gleichstellung geleistet. Für bestimmte Inter­ventions­felder kann sie aber auch zu hoch gegriffen sein, z. B. wenn der Frauen- oder Männeranteil in einem spezifischen Bereich gering ist (wie bspw. im Ausbildungssegment Technologie­berufe oder im Beschäftigungssektor Gesundheit und Soziales).

Je konkreter die Gleichstellungsziele eines Programms formuliert sind, desto besser können sie die Ausrichtung der Projekte lenken, die im Programm umgesetzt werden. Eine Testfrage, ob die Gleichstellungsziele ausreichend konkret formuliert wurden, lautet: „Wie bzw. woran wird die Erreichung der Gleichstellungsziele gemessen?“